MODFLOW是三维有限差分地下水模型，它使用模块化结构，使得它可以很容易的修改，以适应特定的应用程序代码。MODFLOW-2000模拟不规则水流系统中的稳定的与非稳定的水流，蓄水层可以密闭或者不密闭，或者是两者的组合，在外部压力下流动，比如流向井中，面补给，蒸发量，流向排水渠，通过河床流动，这些都可以模拟。除了模拟地下水流，还扩展了一些相关功能，例如泥沙运输等。